LPS hatására aktiválódó transzkripciós faktorok vizsgálata egér csontvelő eredetű makrofágokban

Abstract

A makrofágok kulcsszerepet játszanak az immunválaszok szabályozásában, különösen a lipopoliszacharid (LPS) által kiváltott gyulladásos folyamatokban. A diplomamunkám célja az LPS-indukált transzkripciós faktorok aktivációjának és a kromatinállapot dinamikus változásainak feltérképezése egér csontvelő eredetű makrofágokban. Nyilvánosan elérhető ATAC-seq és ChIP-seq adatok elemzésével vizsgáltuk a kromatin hozzáférhetőségét és a transzkripciós faktorok genomi kötődését több időpontban (0h, 0.5h, 1h, 2h, 4h) az LPS- kezelés hatására. Az ATAC-seq adatok segítségével azonosítottuk a nyitott kromatin régiókat, míg a ChIP-seq adatokból a specifikus transzkripciós faktorok kötődési helyei derültek ki. A két adatforrás integrálásával megállapítottuk, hogy az LPS indukálta transzkripciós faktorok (pl. NF-κB, IRF, AP-1) kötődése összefügg a kromatin nyitottságával, ami aktív génszabályozó mechanizmusokra utal. Klaszterezéssel elkülönítettük a promóterhez közeli és távoli enhanszer-szerű régiókat, majd motívumkereséssel azonosítottuk a klaszter-specifikus transzkripciós faktor kötőhelyeket. Eredményeink hozzájárulnak az LPS által kiváltott gyulladásos válasz molekuláris mechanizmusainak mélyebb megértéséhez.