Recens és XX. század eleji tokaji Saccharomyces cerevisiae borélesztők filo- és komparatív genomikai összehasonlítása

Fájlok
Dátum
Folyóirat címe
Folyóirat ISSN
Kötet címe (évfolyam száma)
Kiadó
Absztrakt

Szakdolgozatom során hat törzs filo-és komparatív genomikai összehasonlítására került sor. Ezen törzsek közül adottak XX. század eleji tokaji borélesztők és recens minták (S. cerevisiae). Illumina technológiával való szekvenálás után a nyers szekvenciákat algoritmusok segítségével (pl. FASTP, BWA-MEM, SAMtools) tisztítottuk és megfelelő formátumba helyeztük különböző szoftverek számára (pl. IGV), melyekkel in silico vizsgálható a törzsek filogenetikai elhelyezkedése és a genomjukban található allélok.

A törzseket a Molekuláris Biotechnológiai és Mikrobiológiai Tanszék publikálatlan törzsgyűjteményével hasonlítottuk össze, kládokba soroltuk őket. IGV szoftverrel vizualizáltuk az illesztett read-eket, bemutattunk SNP-ket és hiányzó genomrégiókat. Allélfrekvencia-diagramokat generáltunk és elemztünk variánsok előhívásával, lefedettségi térképezéssel introgressziót, szegmentális és teljes kromoszómaduplikációt vizsgáltunk.

Kis mértékű introgresszió volt megfigyelhető két rokonfajból. A lefedettségi térképezés során főképpen a szegmentális duplikáció volt megfigyelhető telomer régióknál. Az allélfrekvencia-vizsgálat során kiderült, hogy 3 vizsgált törzs homozigóta a genomjuk legnagyobb részére vonatkoztatva, 3 pedig döntően heterozigóta. A törzsfára való illesztés után kiderült, hogy a vizsgált törzseim két kládba sorolhatóak: Európai bor ill. a Prize de Musse/kvevri klád.

Leírás
Kulcsszavak
Élesztő Filogenetika Élesztő diverzitás Terroir
Forrás