Recens és XX. század eleji tokaji Saccharomyces cerevisiae borélesztők filo- és komparatív genomikai összehasonlítása

A tétel rövid nézete
dc.contributor.advisorPfliegler, Valter Péter
dc.contributor.authorHorváth, Gergő
dc.contributor.departmentDE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biotechnológiai Intézet
dc.date.accessioned2024-06-24T09:37:06Z
dc.date.available2024-06-24T09:37:06Z
dc.date.created2024-04-25
dc.description.abstractSzakdolgozatom során hat törzs filo-és komparatív genomikai összehasonlítására került sor. Ezen törzsek közül adottak XX. század eleji tokaji borélesztők és recens minták (S. cerevisiae). Illumina technológiával való szekvenálás után a nyers szekvenciákat algoritmusok segítségével (pl. FASTP, BWA-MEM, SAMtools) tisztítottuk és megfelelő formátumba helyeztük különböző szoftverek számára (pl. IGV), melyekkel in silico vizsgálható a törzsek filogenetikai elhelyezkedése és a genomjukban található allélok. A törzseket a Molekuláris Biotechnológiai és Mikrobiológiai Tanszék publikálatlan törzsgyűjteményével hasonlítottuk össze, kládokba soroltuk őket. IGV szoftverrel vizualizáltuk az illesztett read-eket, bemutattunk SNP-ket és hiányzó genomrégiókat. Allélfrekvencia-diagramokat generáltunk és elemztünk variánsok előhívásával, lefedettségi térképezéssel introgressziót, szegmentális és teljes kromoszómaduplikációt vizsgáltunk. Kis mértékű introgresszió volt megfigyelhető két rokonfajból. A lefedettségi térképezés során főképpen a szegmentális duplikáció volt megfigyelhető telomer régióknál. Az allélfrekvencia-vizsgálat során kiderült, hogy 3 vizsgált törzs homozigóta a genomjuk legnagyobb részére vonatkoztatva, 3 pedig döntően heterozigóta. A törzsfára való illesztés után kiderült, hogy a vizsgált törzseim két kládba sorolhatóak: Európai bor ill. a Prize de Musse/kvevri klád.
dc.description.courseBiológia
dc.description.degreeBSc/BA
dc.format.extent46
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/2437/374700
dc.language.isohu
dc.rights.accessHozzáférhető a 2022 decemberi felsőoktatási törvénymódosítás értelmében.
dc.subjectÉlesztő Filogenetika Élesztő diverzitás Terroir
dc.subject.dspaceBiológiai tudományok
dc.titleRecens és XX. század eleji tokaji Saccharomyces cerevisiae borélesztők filo- és komparatív genomikai összehasonlítása
Fájlok
Eredeti köteg (ORIGINAL bundle)
Megjelenítve 1 - 1 (Összesen 1)
Nincs kép
Név:
Szakdolgozat_Horváth_Gergő_2024_DEA.pdf
Méret:
2.84 MB
Formátum:
Adobe Portable Document Format
Leírás:
Megjelenítés
Engedélyek köteg
Megjelenítve 1 - 1 (Összesen 1)
Nincs kép
Név:
license.txt
Méret:
2.35 KB
Formátum:
Item-specific license agreed upon to submission
Leírás:
Letöltés
Gyűjtemények
Hallgatói dolgozatok (Biológiai és Ökológiai Intézet)