A cirkadián ritmus az ember legtöbb fiziológiás működésével kapcsolatban áll, így a megfelelően működő cirkadián ritmus létfontosságú az egészség fenntartásában is. A cirkadián rendszer zavara rengeteg betegség kialakulásához hozzájárul, mint az inzulinérzékenység zavara, a szív- és érrendszeri betegségek, de a hangulatzavarokkal és egyéb pszichés zavarok kialakulásával is észrevettek kapcsolatot. A cirkadián ritmus zavara komoly veszélyt jelent a diabetes kialakulásában, ellenben helyreállítása és megfelelő működésének fenntartása fontos terápiás cél lehet a betegség kezelésében és megelőzésében, mivel hozzájárulhat az anyagcsere egyensúlyának helyreállításához és az egészség javításához. Ugyanilyen kapcsolat figyelhető meg a szív- és érrendszeri betegségek és a cirkadián ritmuszavar között is, mely a műszakos munkásokat és a jetlag-ben szenvedőket különösképp veszélyezteti a nemkívánatos kardiovaszkuláris események kialakulásában. A cirkadián ritmus rendezését figyelembe vevő terápiás megközelítések nagyban hozzájárulhatnak a betegségek megelőzésében, illetve a betegek életminőségének javításában. A cirkadián ritmuszavarok a pszichés zavarok kialakulásában is fontos szerepet töltenek be, a két legjelentősebb betegség a bipoláris zavar és a pszichózis, de a depresszióban is nagyon fontos megfigyelés a nem megfelelő cirkadián működés. A cirkadián ritmus rendezése gyógyszeres, mint például melatonin, illetve melatonin analógok, mint az agomelatin használatával, illetve nem gyógyszeres terápiával, mint például a fényterápia vagy a megfelelő alvás higiénia kialakítása csökkentheti a hagyományos terápiák (antidepresszívumok, antipszichotikumok) dózisát és mellékhatásait is hasonló, vagy azonos hatás mellett. Továbbá segíthet a betegeknek az életminőségük jelentős javulásában is. További kutatások elengedhetetlenek ezen betegségek és a cirkadián ritmus közötti kapcsolatok jobb megértése és a terápiás lehetőségek fejlesztése érdekében.