Az alfavírusok nem-szerkezeti fehérjéi poliprotein formában transzlálódnak a vírusgenomról. A poliproteinen három alfavírus proteáz (nsP2pro) hasítási hely biztosítja a nem szerkezeti fehérjék létrejöttét, melyek alapvető szerepet töltenek be a vírus replikációs ciklusában. Ennek alapján az alfavírus proteázok potenciális antivirális célpontoknak tekinthetők, valamint rekombináns fúziós fehérjék processzálásának eszközeként is szolgálhatnak. Kísérleteinkben ez utóbbit szem előtt tartva vizsgáltuk a Sindbis-vírus (SINV), a Semliki Forest vírus (SFV) és a venezuelai lóagyvelő-gyulladásvírus (VEEV) nsP2 proteázainak (PR) tulajdonságait. Vizsgálataink során az egyes vírus-poliproteinek hasítási helyei alapján tervezett oligopeptid szerkezetű szubsztrátokat alkalmazva felmértük a proteázok szubsztrátspecificitását, beleértve a nem ugyanabból a vírusból származtatott enzimek és a hasítási helyeket modellező oligopeptidek közti keresztreakciókat, és összehasonlítottuk a hasítási reakciók hatékonyságát. A hasítás mértéke a VEEV PR esetén a SFV-1, a SFV PR esetén pedig a SFV-1 és a SFV-3 oligopeptideknél volt megfelelő az enzimkinetikai meghatározáshoz. A specificitási eredményeket molekuláris modellezés segítségével értelmeztük. A kinetikai eredményeket felhasználva összehasonlítottuk az alfavírus proteázok katalitikus hatékonyságát a rekombináns fúziós fehérjék processzálására gyakorlatban alkalmazott potyvírus proteázok kinetikai paramétereivel is. Azt tapasztaltuk, hogy csak a VEEV PR mutatott számottevő keresztreakciós aktivitást, de az SFV PR saját szubsztrátjain aktívabbnak bizonyult. A proteázok gyengébb katalizátoroknak mutatkoztak a potyvírus proteázoknál, ezért valószínűleg nem nyújtanak előnyt a rekombináns fúziós fehérjék processzálására használt enzimekkel szemben, ám antivirális terápiák ígéretes célpontjai lehetnek.