Kromatin vizsgálatok az ERα kötőhelyek tanulmányozásához MCF-7 sejtvonalban

A tétel rövid nézete
dc.contributor.advisorBálint, Bálint László
dc.contributor.advisordeptDebreceni Egyetem::Általános Orvostudományi Kar::Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézethu_HU
dc.contributor.authorErdős, Edina
dc.contributor.departmentDE--Általános Orvostudományi Karhu_HU
dc.date.accessioned2014-12-13T13:36:51Z
dc.date.available2014-12-13T13:36:51Z
dc.date.created2014
dc.description.abstractAz ösztrogén receptor alpha (ERα) a magreceptor családba tartozó ligandfüggő transzkripciós faktor, amely kooperáló faktoraival befolyásolja a génexpressziót és a kromatin organizációt. Az ERα által szabályozott transzkripciós változásoknak kiemelt szerepe van az emlőrák többségében azáltal, hogy meghatározza az emlőrák kimenetelét és a kezelésre adott választ. Napjainkban a transzkripciós faktor kötőhelyeket vizsgáló módszerek (ChIP, ChIP-chip, ChIP-Seq, ChIA-PET) rohamos fejlődésével számos ERα kötőhely tanulmányozásával foglalkozó publikáció jelenik meg, azonban a módszerek, kísérleti körülmények heterogenitása és biológiai variabilitás következtében még nem teljesen megértett az ERα által szabályozott transzkripciós változás. Az újabb és újabb kooperáló faktorok és különböző target gének azonosítása is hozzájárul a folyamat megértésének komplexivitásához, amelyek a későbbiekben megfelelő markerek és terápiás célpontok lehetnek az ösztrogén pozitív emlőrákban. Tanulmányunk során a hormon-érzékeny emlőrák modelljeként MCF-7 sejtvonalat használtunk, amely kiváló lehetőséget biztosít az ERα-DNS kölcsönhatás vizsgálatához. Az ilyen fehérje-DNS interakciók tanulmányozásához legelterjedtebb módszer a kromatin immunprecipitáció (ChIP). Célunk az volt, hogy az ezen módszer különbözőségeiből származó kulcslépéseket megvizsgáljuk. Kísérleteink során optimalizáltuk a kromatin fragmentációt szonikálással és enzimes emésztéssel egyaránt, majd a már ismert ERα target kötőhelyek kiválasztása után qPCR-ral detektáltuk a keletkezett genomi fragmenteket. Megvizsgáltuk továbbá az IP hatékonyság növelés érdekében az ERα antitest kötőkapacitását egy külső kontrollal. Továbbá összehasonlítottuk az ERα kötődést 17β-ösztradiol kezelés nélkül és kezelés hatására ezekre az ERα specifikus régiókra. Végül megnéztük a beállított kísérlet reprodukálhatóságát. Jelenlegi kísérleteink segítségével az ERα kötődés széleskörű, teljes genomszintű vizsgálata válik lehetővé.hu_HU
dc.description.correctorP.J.
dc.description.courseklinikai laboratóriumi kutató mesterképzéshu_HU
dc.description.courseactnappalihu_HU
dc.description.courselangmagyarhu_HU
dc.description.degreeMSc/MAhu_HU
dc.format.extent43hu_HU
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/2437/202628
dc.language.isohuhu_HU
dc.subjectmagreceptorhu_HU
dc.subjectkromatin immunprecipitációhu_HU
dc.subject.dspaceDEENK Témalista::Biológiai tudományok::Molekuláris biológiahu_HU
dc.titleKromatin vizsgálatok az ERα kötőhelyek tanulmányozásához MCF-7 sejtvonalbanhu_HU
Fájlok
Gyűjtemények
Hallgatói dolgozatok (Általános Orvostudományi Kar)