Üzemben való bekerülés után a kakaóbab szennyeződhet a szállító és feldolgozó eszközökről, berendezésekről, illetve az élelmiszerrel foglalkozó emberekről. Gyártás során ki kell alakítani a jó higiéniai (GHP) és jó gyártási gyakorlatot (GMP), mellyel biztosítani lehet első esetben, az alapvető higiéniai intézkedéseket az alapanyagok mikroflórájának csökkentését, illetve a kórokozó mikrobák elpusztítását.