Szerző szerinti böngészés "Hoffka, Gyula"
Megjelenítve 1 - 13 (Összesen 13)
Találat egy oldalon
Rendezési lehetőségek
Tétel Szabadon hozzáférhető A venezuelai ló-láz encephalitis vírus cisztein proteázának szerkezet-alapú vizsgálata(2024) Hoffka, Gyula; Mótyán, János András; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; Általános Orvostudományi KarA venezuelai ló-láz encephalitis vírus (VEEV) egy emberekben is súlyos, esetenként halálos kimenetelű megbetegedést okozó vírus. A vírus életciklusában kulcsszerepet tölt be a nem-szerkezeti fehérje 2 proteáza (nsP2pro), amely a virális poliprotein funkcionális egységekre hasítását végzi, és a gazdasejt egyes, immunválaszban szerepet játszó fehérjéit is képes elhasítani. Jelenleg sincs engedélyezett vakcina vagy antivirális gyógyszer a VEEV fertőzés megelőzésére vagy kezelésére, ezért az nsP2pro fontos gyógyszercélpont, ami indokolja vizsgálatát. Kutatásaink során célul tűztük ki, hogy a VEEV nsP2pro specificitásának és konformációs állapotainak kísérletes vizsgálatához kapcsolódóan elvégezzük a fehérje szerkezetének molekuladinamikai módszerekkel történő vizsgálatát, az in vitro vizsgálatok eredményének értelmezése, valamint a szerkezet-funkció összefüggések meghatározása érdekében. A VEEV nsP2pro szubsztrát-specificitásának kísérletes vizsgálatához kapcsolódóan modelleztük az enzim és az in vitro hasítási reakciókban is alkalmazott szubsztrát komplexét, majd a molekudinamikai módszerekkel ekvilibrált szerkezet vizsgálatával meghatároztuk az egyes szubsztrátkötő helyeken kialakuló enzim-szubsztrát kölcsönhatásokat. A szerkezet számítógépes vizsgálata segítségével feltérképezhettük az egyes szubsztrátkötő helyek aminosav-preferenciáit meghatározó szerkezeti sajátságokat. A VEEV nsP2pro kísérletes vizsgálatának részeként röntgenkrisztallográfiával meghatároztuk a VEEV nsP2pro szerkezetét. A feloldott szerkezetben az enzim egy öninaktivált konformációs állapotát figyeltük meg, melyben az enzim N-terminális régiója az aktív hely irányába fordulva helyezkedett el, elfoglalva a szubsztrátkötő helyet. Munkánk során elvégeztük az aktív és öninaktivált konformációs állapotokat reprezentáló nsP2pro kristályszerkezetek összehasonlító vizsgálatát, továbbá molekuladinamikai szimulációk segítségével vizsgáltuk a VEEV nsP2pro konformációs állapotait. Munkánk eredményeként feltérképeztük az enzim aktív helyén kialakuló kölcsönhatási hálózatokat, meghatároztuk az aktív és inaktív konformációs állapotok sajátságait, valamint az enzim stabilitásában fontos szerepet játszó szerkezeti tulajdonságokat. Eredményeink hozzájárulhatnak a VEEV nsP2Pro specificitását és stabilitását meghatározó szerkezeti sajátságok jobb megértéséhez, és felhasználhatóak lehetnek az enzim gátlását célzó molekulák fejlesztéséhez.Tétel Szabadon hozzáférhető Asymmetric dynamic coupling promotes alternative evolutionary pathways in an enzyme dimer(2020) Ambrus, Viktor Attila; Hoffka, Gyula; Fuxreiter, MónikaTétel Szabadon hozzáférhető Complete computational design of high-efficiency Kemp elimination enzymes(2025) Listov, Dina; Vos, Eva; Hoffka, Gyula; Hoch, Shlomo Yakir; Berg, Andrej; Hamer-Rogotner, Shelly; Dym, Orly; Kamerlin, Shina Caroline Lynn; Fleishman, Sarel J.Tétel Szabadon hozzáférhető Efficacy of Integrase Strand Transfer Inhibitors and the Capsid Inhibitor Lenacapavir against HIV-2, and Exploring the Effect of Raltegravir on the Activity of SARS-CoV-2(2024) Kiarie, Irene Wanjiru; Hoffka, Gyula; Laporte, Manon; Leyssen, Pieter; Neyts, Johan; Tőzsér, József; Mahdi, MohamedTétel Korlátozottan hozzáférhető Hidrogén-szulfit addíciója szén-szén kettős kötésre - in silico vizsgálatok egyszerű modell vegyületeken(2014-05-06T09:22:14Z) Hoffka, Gyula; Mándi, Attila; Komáromi, István; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Kémiai IntézetA fejlett számítógépek felhasználásával, és a modern, egyszerűen kezelhető kvantumkémiai programok segítségével jelen dolgozatban egy gyakorlati fontosságú kémiai reakció elméleti kémiai leírásával foglalkozom. A reakció modellezése során tapasztalatot szeretnék szerezni a számításos kémia művelésében. Míg a probléma kísérleti háttere adott, a reakció elemi lépéseinek sorrendjét és az átmeneti állapotok és termékek relatív energiaértékeit nem mindig egyszerű kísérletes módon meghatározni. A valós kísérleti rendszer azonban ahhoz túl nagy, túl sok atomot tartalmaz, hogy pontos számolásokat végezhessünk rajta, ezért a reakciót először modelleken végzett számítások segítségével tanulmányozzuk. Két ilyen modellrendszerre végeztem el a számolásokatTétel Korlátozottan hozzáférhető Mikrobiális transzglutamináz reakciómechanizmusának vizsgálata vegyes QM/MM módszerekkelHoffka, Gyula; Komáromi, István; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Kémiai IntézetJelen dolgozat a mikrobiális transzglutamináz által katalizált reakció első lépésének modellezését tárgyalja. A dolgozatban az enzim katalitikus aminosavainak, egy lehetséges szubsztrát dokkolásának, és a végbemenő reakció mechanizmusának vegyes QM/MM módszerekkel történt modellezése szerepel.Tétel Szabadon hozzáférhető Modeling protease-sensitive human pancreatic lipase mutations in the mouse ortholog(2024) Hoffka, Gyula; Mhana, Samara; Vas, Marcell; Toldi, Vanda; Mótyán, János András; Tőzsér, József; Szabó, AndrásTétel Szabadon hozzáférhető P1' specificity of the S219V/R203G mutant tobacco etch virus protease(2024) Golda, Mária; Hoffka, Gyula; Cherry, Scott; Tropea, Joseph E.; Lountos, George T.; Waugh, David S.; Wlodawer, Alexander; Tőzsér, József; Mótyán, János AndrásTétel Korlátozottan hozzáférhető Phosphorylation of ITIM motifs drives the structural transition of indoleamine 2,3-dioxygenase 1 between enzymatic and non-enzymatic states(2025) Hoffka, Gyula; Hornyák, Lilla; Székvölgyi, Lóránt; Miskei, MártonTétel Szabadon hozzáférhető Potential Resistance of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) against Protease Inhibitors: lessons Learned from HIV-1 Protease(2022) Mótyán, János András; Mahdi, Mohamed; Hoffka, Gyula; Tőzsér, JózsefTétel Szabadon hozzáférhető Receptor Binding for the Entry Mechanisms of SARS-CoV-2: Insights from the Original Strain and Emerging Variants(2025) Mahdi, Mohamed; Kiarie, Irene Wanjiru; Mótyán, János András; Hoffka, Gyula; Al-Muffti, Aya S.; Tóth, Attila; Tőzsér, JózsefTétel Szabadon hozzáférhető Self-inhibited state of Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) nsP2 cysteine protease: a crystallographic and molecular dynamics analysis(2023) Hoffka, Gyula; Lountos, George T.; Needle, Danielle; Wlodawer, Alexander; Waugh, David S.; Tőzsér, József; Mótyán, János AndrásTétel Szabadon hozzáférhető Specificity Studies of the Venezuelan Equine Encephalitis Virus Non-Structural Protein 2 Protease Using Recombinant Fluorescent Substrates(2020) Bozóki, Beáta; Mótyán, János András; Hoffka, Gyula; Waugh, David S.; Tőzsér, József