Molekuláris Sejt- és Immunbiológia Doktori Iskola

Állandó link (URI) ehhez a gyűjteményhez

https://hdl.handle.net/2437/31600

Általános Orvostudományi Kar

Molekuláris Sejt- és Immunbiológia Doktori Iskola
(vezető: Dr. Balogh István)

Orvostudományi doktori tanács

D183

tudományág:
- elméleti orvostudományok

Böngészés

Molekuláris Sejt- és Immunbiológia Doktori Iskola Tárgyszó szerinti böngészés "3C-seq"

Megjelenítve 1 - 1 (Összesen 1)
  • Nincs kép
    TételKorlátozottan hozzáférhető
    Investigation of the function of Retionid X Receptor in mouse bone marrow-derived macrophages using novel genomic approaches
    Dániel, Bence; Nagy, László; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet
    In our study we focused on the action of the activated RXR nuclear receptor in bone marrow-derived macrophages. Taking advantage of the technological developments we determined the action of the receptor in a genome-wide manner. First, we identified the regulated gene network by using RNA-sequencing, then we performed chromatin immunoprecipitation followed by deep sequencing in order to find the receptor bound genomic loci. Using these methods we found approximately 800 regulated genes and 5200 binding sites for the receptor. Interestingly, almost 90% of the RXR sites are located to intergenic regions, often more than 100kb far from the closest genes thus their annotation to the regulated genes remained elusive. By using global run-on sequencing we analyzed the amount of the freshly synthesized nascent RNA on gene bodies and as reported previously also the transcripts originated from cis-elements known as enhancer RNAs. Based on the fact that enhancer RNAs are induced in a very similar manner as their targeted genes we assigned them to their potential targets, yielding the transcriptionally active RXR cis-element/gene pair network. The combination of the aforementioned methods let us to identify 252 target genes to which we could assign 414 cis-acting RXR elements. To our surprise, these genes showed a convergent angiogenic network consisting well-known agiogenesis inducers, for example: Vegfa, Hbegf, Litaf. In order to characterize the RXR programed macrophages in the context of angiogenesis we carried out the well-accepted chorioallantoic membrane assay, which unequivocally shed light on the improved angiogenic capacity of macrophages harboring the activated RXR program. Taken together, these results show that the RXR regulated gene/cis-element network promotes the establishment of a pro-angiogenic macrophage phenotype. Our highly integrated method is capable of identifying the regulated genes and their cis-element network for any kind of signal specific transcription factor thus able to reveal new biological functions in a transcription factor and cell type dependent manner. A kísérleteink során az aktivált RXR magreceptor hatásának molekuláris mechanizmusát és funkcióját vizsgálatunk egér csontvelői eredetű makrofágokban. Kihasználva a technológiai fejlődés adta metodikai újításokat, teljes genom szinten határoztuk meg a receptor működését új-generációs szekvenáláshoz kapcsolt módszerekkel. A receptor által szabályozott génhálózat azonosításához RNS szekvenálást használtunk. Kromatin immunprecipitációhoz kapcsolt szekvenálással meghatároztuk az RXR genomi kötőhelyeit. Ezekből a kíséreltekből kiderült, hogy a receptor hozzávetőleg 800 gént szabályoz, ami 5200 kötőhelyről valósulhat meg. A receptor kötőhelyei majdnem 90%-ban intergenikus régiókban találhatók, sokszor több száz kilobázisos távolságra a génektől, így ezek génekhez való annotálása nem megbízható. A globális run-on technológia felhasználásával képesek voltunk a frissen keletkezett naszcens RNS mennyiségét detektálni teljes genom szinten. Irodalmi adatok igazolják, hogy ez a metódus képes a transzkripciós szabályozásban aktívan részt vevő cisz-elemek kimutatására, mivel ezekről úgynevezett enhanszer transzkriptek keletkeznek, amelyek az aktiváló stimulus hatására a célgénen történő transzkripció mértékét követik. Ezt kihasználva meghatároztuk azokat az RXR kötőhelyeket, amelyek részt vesznek a gének transzkripciós szabályozásában. A fent említett módszerek integrációjával 414 RXR által szabályozott cisz-elemet kapcsoltunk össze 252 célgénnel. Érdekes módon az RXR által szabályozott gén/cisz-elem hálózat több olyan gént is tartalmazott, amelyek az angiogenezis indukciójában játszanak jelentős szerepet, például: Vegfa, Hbegf, Litaf. Az RXR aktivátor által programozott makrofágokat ezután chorioallantois membránon végzett angiogenezis kísérletekben teszteltük. Az eredményeink egyértelműen bebizonyították, hogy az RXR által szabályozott gén/cisz-elem hálózat egy érképződést elősegítő makrofág fenotípus kialakításáért felelős. Az általunk kifejlesztett, genomikai módszerek kombinációján alapuló metódus alkalmas a különböző szignálok hatására bekapcsolódó transzkripciós faktorok biológiai funkcióinak feltárásához, gyakorlatilag bármilyen sejttípusban.