A legfrissebb tanulmányok szerint a mikrobiom, és a szervezet állapota között szoros összefüggés van. Az orális mikrobiom összetétele és abban bekövetkező változások indikátorai lehetnek a szájnyálkahártya elváltozásoknak. Jelen tanulmány célja a mikrobiális szájflóra diverzitásának és szerkezetének vizsgálata, mely négy betegcsoportra terjedt ki, mint a xerostomia (n=20), hyposalivatio (n=12), az Sjögren-szindróma (n=6), a Bechterew (n=4), valamint a kontroll (n=15) és 57 mintát tartalmazott. A mikrobiális közösségek profilozását 16S rDNS alapú metabarcoding eljárással végeztük. A szekvenálás Oxford Nanopore (ONP) technológia alkalmazásával történt. A szekvenálás során keletkezett adatok bioinformatikai-statisztikai módszerekkel kerültek kiértékelésre. Az ONP technológiával generált adatok hibaszázaléka relatíve magas, így kifejezetten erre a célra fejlesztett EMU szoftvert alkalmaztunk, mellyel meg tudtuk határozni a minták mikrobiális összetételét faj szinten. A törzsszintű relatív abundancia elemzés azt mutatta, hogy a kontroll, a hyposalivált és a xerostomia csoport mikrobiális összetétele hasonló, amelyet a Proteobacteria és a Firmicutes törzsek dominanciája jellemez, míg az Actinobacteria, a Bacteroidetes és a Fusobacteria törzsek alacsonyabb gyakorisággal vannak jelen, minimális eltérést mutatva a csoportok között. Az alfa-diverzitást a Shannon- és Simpson-indexek alapján mérve nem tapasztaltunk szignifikáns különbségeket a csoportok között. A béta-diverzitás Aitchison-távolságon alapuló elemzése a PCoA-ábrákon eltérő klasztereződési mintázatokat mutatott a kontrollcsoport, a hyposalivatio és xerostomia páciensek között genus szinten. A PERMANOVA teszt szignifikáns különbségeket igazolt a kontrollcsoport, illetve a hyposalivatio és xerostomia csoportok között (p <0,05). A törzsszintű eloszlásban megfigyelhető eltérések voltak az egyes minták között a kontroll és a hyposalivatio csoport, valamint a kontroll és a xerostomia csoport között is; ugyanakkor a csoporton belüli diverzitási értékek variabilitása viszonylag magas volt, különösen a patológiás állapotokban. Az ALDEx2 szoftverrel végzett differenciális abundancia elemzés mutatott szignifikáns, statisztikailag megbízható változásokat a mikrobiális összetételben. Az alacsony mintaszám korlátozta a szájüregi mikrobióta diverzitásának és összetételének statisztikai megbízhatóságát; a csökkent nyáltermeléssel összefüggő mikrobiális változások pontosabb feltárásához további, nagyobb mintaszámú vizsgálatok szükségesek.