ChiP-szekvenálás alapú szuperenhanszer elemzés: KMT2D mutációk hatásának vizsgálata a humán génszabályozásra bioinformatikai módszerekkel

Abstract

A dolgozat a KMT2D génben bekövetkező missense mutáció szerepét vizsgálja a BCAHH betegség(Branchial arch abnormalities, choanal atresia, athelia, hearing loss, and hypothyroidism syndrome) kialakulásában. Mivel a KMT2D a H3K4me1 jel révén kulcsfontosságú a szuperenhanszerek létrehozásában, a kutatás célja olyan gének azonosítása volt, amelyekben ez a mechanizmus meghatározó. A bioinformatikai elemzés során első lépésként a ChIP-seq mintákat illesztettük a humán genomhoz. Ezt követően csúcs-hívást végeztünk, majd meghatároztuk a minták közös csúcsait. A szuperenhanszer-hívás segítségével rangsoroltuk a H3K4me1-monometilált régiókat, és kiválasztottuk a jelintenzitás alapján felső 5%-ba tartozó géneket. Ezt követően annotáltuk a szuperenhanszereket a hozzájuk legközelebb eső génekhez. Végül GO-analízissel tártuk fel, hogy ezek a gének milyen biológiai folyamatokhoz kapcsolódnak, és milyen módon járulhatnak hozzá a BCAHH patogeneziséhez. Az eredmények hipotézisértékűek, amelyek megerősítéséhez további klinikai vizsgálatok szükségesek.