Klinikai Orvostudományok Doktori Iskola

Állandó link (URI) ehhez a gyűjteményhez

https://hdl.handle.net/2437/2314

Általános Orvostudományi Kar

Klinikai Orvostudományok Doktori Iskola
(vezető: Dr. Illés Árpád)

Orvostudományi doktori tanács

D44

Doktori programok:

  • Mozgásszervi betegségek
    (programvezető: Dr. Szekanecz Zoltán)
  • Klinikai vizsgálatok
    (programvezető: Dr. Berta András)
  • Experimentális és klinikai onkológia
    (programvezető: Dr. Hernádi Zoltán)

Böngészés

Klinikai Orvostudományok Doktori Iskola Szerző szerinti böngészés "Általános Orvostudományi Kar::Pathológiai Intézet"

Megjelenítve 1 - 1 (Összesen 1)
  • Nincs kép
    TételSzabadon hozzáférhető
    Onkopatológiai génvariánsok- és fúziók klinikai jelentőségének tanulmányozása in silico fehérje modellezés segítségével
    (2025) Madarász, Kristóf; Mokánszki, Attila; Madarász, Kristóf; Klinikai orvostudományok doktori iskola; Általános Orvostudományi Kar::Pathológiai Intézet
    Az értekezés célja az ismeretlen génvariánsok és fúziók vizsgálata volt in silico eszközökkel. Az értekezés első részében a mielodiszpláziás neoplázia (MDS) és akut mieloid leukémia mielodiszpláziával összefüggő (AML-MR) eseteket vizsgáltuk, ahol a TP53 gén mutációi jelenléte rossz prognózissal társul. Második részben a BCOR (BCL-6 korepresszor) átrendeződésekkel járó kiskerek sejtes szarkómát (BRS) vizsgáltuk, ami egy ritka lágyrész daganat, és leggyakrabban a BCOR::CCNB3 fúzió jellemezi. Az értekezés célja az ismeretlen génvariánsok és fúziók vizsgálata in silico eszközökkel. 77 MDS/AML beteg formalin-fixált, paraffinba ágyazott csontvelő-biopszia mintáját vizsgáltuk retrospektív módon újgenerációs szekvenálás (NGS) segítségével és osztályoztuk a WHO 2022-es irányelvei szerint. A detektált 30 TP53 mutáció közül 20 nem volt kategorizálva a jelenlegi nyilvános adatbázisokban, ezért tizenkét patogenitást pontozási rendszert alkalmaztunk, valamint fehérje stabilitási, fehérje-DNS és fehérje-fehérje interakciós vizsgálatokat végeztünk. Kilenc BRS-ből kimutatott BCOR génfúzió (BCOR::CCNB3, BCOR::MAML3, BCOR::CLGN, BCOR::MAML1, ZC3H7B::BCOR, KMT2D::BCOR, CIITA::BCOR, RTL9::BCOR, AHR::BCOR) cDNS és aminosavszekvenciáját állítottunk össze és átfogó in silico elemzést végeztük. Többek között vizsgáltuk domén architektúrájuk, fiziko-kémiai tulajdonságai változását és AlphaFold3 segítségével modelleztünk 3D szerkezetüket, majd PRODIGY algoritmussal segítségével az interakciós partnereik bevonásával kötési affinitást számítottunk, amit molekuláris dinamikai (MD) szimulációkkal is megerősítettünk. A 26 TP53-pozitív esetben (33,8%), 30 egyedi és összesen 41 mutációt detektáltunk. A mutációk gyakorisága az AML-MR csoportban volt a legmagasabb (57,7%), ezt követte az MDS-IB (MDS-megnövekedett blasztaránnyal) (33,3%) és az MDS-LB (MDS-alacsony blasztaránnyal) (17,9%). Statisztikailag szignifikáns különbségeket találtunk az AML/MDS csoportok között a TP53 patogenitás, fehérje stabilitási változások, és túlélés tekintetében, mind a TP53 mutációs státusz és mind pedig a variáns allél frekvencia figyelembevételével. A legtöbb patogén tulajdonságot a legsúlyosabb következményekkel járó AML-MR csoportban találtuk. A BCOR elemzés jelentős eltéréseket tárt fel a BCOR domén architektúrában, ami a BCL6-szabályozott transzkripcionális represszió elvesztését eredményezheti. Illetve az IUPred3 előrejelzés szignifikáns rendezetlenség növekedést mutatott ki a fúziós fehérjék BCOR C-terminális régióiban. Továbbá a fiziko-kémiai tulajdonságok elemzések az izoelektromos pont, stabilitás és hidrofóbicitás csökkenését mutatta ki. Az prediktált fehérje szerkezetek elemzése statisztikailag szignifikáns eltéréseket tárt fel a BCOR-PCGF1 dimerek és a nem-kanonikus Polycomb Represszív Komplex 1.1 variáns tetramer kötési affinitásaiban a vad típusú BCOR-hoz képest. Az in silico módszerek hatékony eszköznek bizonyultak az ismeretlen klinikai jelentőségű variánsok patogenitásának meghatározásában. A molekuláris és in silico fehérje adataink alátámasztják, hogy az MDS-IB átmeneti csoportot képvisel az AML-MR és az MDS-LB betegek között, amely gyakran alakul AML-vá, ezért pre-leukémiás állapotnak tekinthető. Az értekezés az első átfogó összefoglalását és összehasonlító elemzését nyújtja a BRS ismert BCOR fúzióinak, és új in silico megközelítést mutat be a betegség molekuláris alapjainak jobb megértése érdekében. A fúziós fehérjék stabilitására és funkcionalitására gyakorolt jelentős hatás hozzájárul a BCOR génfúziók onkogén mechanizmusához.