Molekuláris Sejt- és Immunbiológia Doktori Iskola
Állandó link (URI) ehhez a gyűjteményhez
Általános Orvostudományi Kar
Molekuláris Sejt- és Immunbiológia Doktori Iskola
(vezető: Dr. Balogh István)
Orvostudományi doktori tanács
D183
tudományág:
- elméleti orvostudományok
Böngészés
Molekuláris Sejt- és Immunbiológia Doktori Iskola Szerző szerinti böngészés "Bálint, Bálint László"
Megjelenítve 1 - 3 (Összesen 3)
Találat egy oldalon
Rendezési lehetőségek
Tétel Szabadon hozzáférhető COUP-TFII árva magreceptor általi kötőesemények genomszintű vizsgálata daganatos sejtekbenErdős, Edina; Bálint, Bálint László; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai IntézetA magreceptorok, mint ligand-aktivált transzkripciós faktorok közvetlen hatást gyakorolnak a gének kifejeződésére. A gének kifejeződésében létrejövő változások a daganatos betegségek egyik jellemvonása. Genomszintű vizsgálatokkal lehetővé válik a magreceptorok általi transzkripciós program tanulmányozása, mely által közelebb kerülhetünk a betegség megértéséhez. A magreceptorok általi szabályozások vizsgálatához használt legelterjedtebb módszer, a kromatin immunprecipitáció (ChIP). Kutatásunk során létrehoztunk egy olyan fágbemutatáson alapuló kontroll rendszert az ösztrogén receptor alfa (ERα) antitest példáján keresztül, mellyel ChIP antitestek karakterizációja válik lehetővé ChIP-qPCR kísérletekben. Az ERα kulcsfontosságú magreceptor az emlőrák kezelésében és kimenetelében. Munkánk során a COUP-TFII árva magreceptor szerepét vizsgáltuk meg ER-pozitív emlődaganat sejtekben és betegekben funkcionális genomikai mószerek alkalmazásával. Eredményeink azt mutatják, hogy a COUP-TFII, mint koregulátor jelen van az ERα-mediált transzkripciós komplexben, és hatással van ERα célgének kifejeződésére. Továbbá a COUP-TFII magas expressziós szintje jobb túléléssel korrelál ER-pozitív luminális A fenotípussal rendelkező betegekben. A COUP-TFII cisztromját egyéb daganatsejtekben is megvizsgálva, azt találtuk, hogy a COUP-TFII az adott sejt-típusra jellemző mester transzkripciós faktorral lokalizálódik együtt. Különböző eredetű sejtekben közös COUP-TFII kötőhelyeket azonosítottunk a VEGFA gén szabályozó régióiban. Emlődaganat sejtekben a COUP-TFII gátló hatással van ennek az angiogenikus génnek a kifejeződésére. Különböző daganatos betegek túlélésének vizsgálata során azt találtuk, hogy a COUP-TFII magas expressziós szintje jobb túléléssel korrelál. Összességében elmondhatjuk, hogy a COUP-TFII magreceptor jelenlétének tumorszuppresszor hatása van mester transzkripciós faktorok mellett különböző daganatos betegségekben.Tétel Szabadon hozzáférhető Development and characterization of experimental tools for functional genomics researchOzgyin, Lilla; Bálint, Bálint László; Ozgyin, Lilla; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai IntézetA funkcionális genomikai módszerek, amelyek lehetővé teszik a génszabályozás különböző aspektusainak genomszintű vizsgálatát, az elmúlt évtizedben látványos fejlődésen és érésen mentek keresztül. Emellett a meglévő források hatékonyabb felhasználásának érdekében új tudományos együttműködési platformok jelentek meg. A doktori értekezés három fő témakör keretében tárgyalja a funkcionális genomika tudományterülethez kapcsolódó fejlesztési és vizsgálati eredményeinket. Munkánk során kifejlesztettünk egy új, bakteriofág-alapú spike-in folyamatkontroll rendszert kromatin immunprecipitációs (ChIP) kísérletekhez; továbbá vizsgáltuk a sejtliofilezés alkalmasságát mint potenciálisan költséghatékony RNS-archiválási módszer; valamint elsőként vizsgáltuk a széles körben alkalmazott humán B-limfoblasztoid sejtvonal (LCL) modell DNS-szekvenciától független funkcionális genomikai variabilitásának kvalitatív és kvantitatív sajátságait. Mivel a ChIP módszer nem rendelkezik széles körben elfogadott folyamatkontrollokkal, munkánk során in vitro evolúciós módszerrel kifejlesztettünk olyan, felszínükön különböző peptideket bemutató bakteriofágokat, amelyek erősen kötődnek különböző ChIP-minőségű, transzkripciós faktor-ellenes antitestekhez. Ezen reagensek egyszerűen sokszorozhatóak, és heterológ külső kontrollként használhatóak a kísérletes mintaveszteség normalizálására. A ChIP mellett az RNS szekvenálás is széles körben elterjedt funkcionális genomikai módszer, amely alkalmas biológialag releváns sejtállapotok transzkriptomikai jellemzésére. Az RNS-alapú vizsgálatokra szánt szövetek fagyasztott állapotban történő tárolása jelentős működtetési költségekkel és környezeti terheléssel jár. Munkánk során megvizsgáltuk a potenciálisan költséghatékony sejtliofilezés és az azt követő szobahőmérsékleten történő mintatárolás hatását az izolált celluláris RNS minőségére. Míg az epigallokatekin-gallát nem bizonyult alkalmas lioprotektánsnak RNS-alapú vizsgálatokhoz, a D-trehalóz megfelelő védelmet nyújtott liofilezés és többhetes szobahőmérsékleten történő tárolás során, magas kitermelést és kiváló RNS-minőséget eredményezve mind alacsony-, mind magas áteresztőképességű vizsgálatokhoz. A humán LCL sejtvonal modellrendszert széles körben alkalmazzák a génexpressziós szabályozás általános szabályszerűségeinek és genetikai hátterének vizsgálatára. Ennek tükrében nagy jelentőséggel bírhat az egyes LCL sejtvonalak közötti genotípus-független funkcionális genomikai variabilitás jellegének és mértékének ismerete. Öt, azonos személyből származó LCL sejtonal vizsgálata során kimutattuk, hogy az aktív (H3K27ac-jelölt) génszabályozó elemek közel negyede mutat variábilis acetilációt, amely enyhébb transzkriptóm-variabilitással párosult. Továbbá a génexpressziós eltérések kemoterápiás szerekkel szembeni eltérő sejtválaszt okozhatnak, így javasolt az RNS-szintek beépítése az LCL-alapú QTL-vizsgálati tervekbe. Összegezve, eredményeink kiindulási pontként szolgálhatnak a költséghatékonyabb és racionálisabb kísérlettervezéshez a funkcionális genomika keretein belül.Tétel Szabadon hozzáférhető Az ösztrogén receptor alfa-vezérelt szuper-enhanszerek kialakulásának vizsgálataBojcsuk, Dóra; Bálint, Bálint László; Bojcsuk, Dóra; Molekuláris sejt- és immunbiológia doktori iskola; DE--Általános Orvostudományi Kar -- Biokémiai és Molekuláris Biológiai IntézetA szuper-enhanszerek a genom olyan szabályozó egységei, ahol az enhanszerek klaszterekbe rendeződnek és hatásukat a célgénekre – a nevükhöz hűen – „szuper fokozókként”, együtt fejtik ki. A fogalmat először 2013-ban említették, azóta több mint 500 olyan publikáció jelent meg, mely a szuper-enhanszerek vizsgálatára irányul. Közöttük számos olyan található, amelyben a különböző betegségekre hajlamosító gének szuper-enhanszerek általi szabályozását azonosították. Kutatásunk során az ERα-vezérelt szuper-enhanszerek működését vizsgáltuk az emlő eredetű MCF-7 sejtvonalban. Azt találtuk, hogy az ERα-vezérelt szuper-enhanszerek helyét tipikusan már a ligand általi aktivációt megelőzően kijelöli a kanonikus válaszadó eleméhez kötődő ERα. Az ilyen válaszadó elemek olyan specifikusak és olyan nagy mennyiségű fehérjét képesek a genom adott szakaszához toborozni E2 hatására, hogy az egyúttal elősegíti a szomszédos, gyengébb válaszadó elemek ERα általi elfoglalását is – kialakítva így a szuper-enhanszereket. Az elsődleges, „kijelölő” szereppel rendelkező kötőhelyeket anya enhanszereknek, míg a ligand általi aktivációt követően elfoglalt kötőhelyeket leány enhanszereknek neveztük el. A szuper-enhanszerek kialakulásának ezen mechanizmusát 5 további humán és egér sejtvonalon, 7 ligand által indukálható transzkripciós faktor vonatkozásában validáltuk. A genomban azonosítható ~80000 ERα transzkripciós faktor kötőhely csoportosítása és vizsgálata során azt találtuk, hogy az anya enhanszerekkel azonos tulajdonságokkal és dinamikával rendelkező tipikus enhanszerek önmagukban nem képesek ugyanazt a transzkripciós kimenetet eredményezni, mint az egységként működő szuper-enhanszerek. Eredményeink nemcsak az anya enhanszerek kivételes szerepét igazolják a szuper-enhanszereken belül, hanem a fokozó szereppel bíró leány enhanszerek fontosságát is, és indokolttá teszik a szuper-enhanszerek különböző sejtekben történő azonosítását és az általuk szabályozott gének megismerését.