Szerző szerinti böngészés "Imre, Alexandra"
Megjelenítve 1 - 15 (Összesen 15)
Találat egy oldalon
Rendezési lehetőségek
Tétel Szabadon hozzáférhető A Saccharomyces cerevisiae var. ’boulardii’ probiotikus élesztő eredetű fungémia okainak felderítése a gomba virulencia faktorainak vizsgálatán keresztül(2022) Imre, Alexandra; Pócsi, István; Pfliegler, Valter Péter; Imre, Alexandra; Laki Kálmán doktori iskola; Debreceni Egyetem::Természettudományi és Technológiai Kar::Biotechnológiai Intézet::Molekuláris Biotechnológiai és Mikrobiológiai TanszékA S. ’boulardii’ (S. ’boulardii’ CNCM I-745) az egyik legkeresettebb probiotikum, melynek tulajdonságait több mint 80 randomizált klinikai vizsgálatban igazolták. Vitathatatlan egészségügyi előnyei ellenére fennáll a fungémia veszélye immunhiányos vagy súlyosan beteg pácienseknél, csecsemők és idősek körében. Az elmúlt években növekedett az ilyen fertőzéses esetek száma. A szakirodalom tanulmányozása során felderítettük, hogy Saccharomyces fungémia esetén ritkán, mindössze a leírt esetek felénél végeztek tipizálási módszert annak érdekében, hogy kiderítsék probiotikum eredetű volt-e a fertőzés, és még ezekben az esetekben is az időigényesebb, módszerek kerültek alkalmazásra. A már létező tipizálási módszerek (ITS, mikroszatellita és interdelta analízisek) kombinálásával egy multiplex PCR módszert fejlesztettünk ki, amivel rövid időn belül (3 óra), megbízhatóan kideríthető, hogy egy élesztő fertőzést a S. ’boulardii’ probiotikum okozott e vagy sem. Ez elősegítheti az élesztő probiotikumok biztonságosságának felmérését, valamint egyszerű kivitelezhetősége miatt a klinikai diagnosztikában is alkalmazható. Analizáltuk az izolátumok fenotípusát, a bélepitélium modellel való interakciókat, és az immunaktivációban bekövetkező változásokat 14 S. ’boulardii’ izolátum vonatkozásában. Az egyes élesztő izolátumoknak különböző fenotípusuk volt, de egyértelműen nem lehetett különbséget tenni a kereskedelmi és klinikai vagy a klinikai mikózist nem okozó és klinikai mikózist okozó minták között. Ez azt mutatja, hogy a S. 'boulardii' képes túlélni az emberi gazdaszervezetben hosszabb ideig anélkül, hogy olyan tulajdonságokra tenne szert, amelyeket a korábbi tanulmányok a patogenitással kapcsoltak össze. CRISPR/Cas9 géndelécióval megvizsgáltuk, hogy a HMX1 gén szerepet játszik-e a probiotikus élesztő patogenitásának kialakításában és a vérben való túlélésben. Az adatok alapján a HMX1 gén lehet az első leírt potenciális antivirulencia gén a S. ’boulardii’ ban. Ez felhívja a figyelmet arra, hogy egy gén deléciója és az ezt követő metabolikus változások váratlan adaptációs előnyöket okozhatnak, amelyek potenciálisan elősegítik a patogenitást. Ezért a törzsfejlesztésen átesett probiotikumok biztonságosságának és virulenciájának ellenőrzése erősen ajánlott, mégpedig in vivo állatmodellek alkalmazásával.Tétel Korlátozottan hozzáférhető A Candida albicans morfológiai átalakulásának vizsgálata Time-lapse videomikroszkóp rendszer segítségévelImre, Alexandra; Pócsi, István; Jakab, Ágnes; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biológiai és Ökológiai IntézetA Candida albicans élesztőt a legjelentősebb gomba patogénként tartják számon, mivel a kandidózisok 70-85%-ért tehető felelőssé. A Candida a szervezet kommenzalista mikroorganizmusa, normál körülmények között fertőzést nem okoz, azonban a szervezetben lezajló változások növelik a szisztémás, illetve a dermális kandidózis kialakulásának kockázatát. Számos szakirodalom tárgyalja a CO2, a hemin és a pH élesztő-hifa átalakulást, illetve hifa növekedést indukáló hatását a C. albicansban. Azonban ezen hatások számszerűsítésére ezidáig még nem dolgoztak ki módszert. A kísérletek során a C. albicans SC5314 genomszekvenált és ATCC 14053 klinikai izolátum válaszait vizsgáltuk a hemin, CO2 és pH érték változásaira, továbbá vizsgáltuk ezen környezeti faktorok morfológiát befolyásoló hatását is.Tétel Szabadon hozzáférhető Fungal diversity notes 1151-1276: taxonomic and phylogenetic contributions on genera and species of fungal taxa(2020) Hyde, Kevin D.; Dong, Yang; Phookamsak, Rungtiwa; Jeewon, Rajesh; Bhat, D. Jayarama; Jones, E. B. Gareth; Liu, Ning-Guo; Abeywickrama, Pranami D.; Mapook, Ausana; Wei, Deping; Perera, Rekhani H.; Manawasinghe, Ishara S.; Pem, Dhandevi; Bundhun, Digvijayini; Karunarathna, Anuruddha; Ekanayaka, Anusha H.; Bao, Dan-Feng; Li, Junfu; Samarakoon, Milan C.; Chaiwan, Napalai; Lin, Chuan-Gen; Phutthacharoen, Kunthida; Zhang, Sheng-Nan; Senanayake, Indunil C.; Goonasekara, Ishani D.; Thambugala, Kasun M.; Phukhamsakda, Chayanard; Tennakoon, Danushka S.; Jiang, Hong-Bo; Yang, Jing; Zeng, Ming; Huanraluek, Naruemon; Liu, Jian-Kui (Jack); Wijesinghe, Subodini N.; Tian, Qing; Tibpromma, Saowaluck; Brahmanage, Rashika S.; Boonmee, Saranyaphat; Huang, Shi-Ke; Thiyagaraja, Vinodhini; Lu, Yong-Zhong; Jayawardena, Ruvishika S.; Dong, Wei; Yang, Er-Fu; Singh, Sanjay K.; Singh, Shiv Mohan; Rana, Shiwali; Lad, Sneha S.; Anand, Garima; Devadatha, Bandarupalli; Niranjan, M.; Sarma, V. Venkateswara; Liimatainen, Kare; Aguirre-Hudson, Begoña; Niskanen, Tuula; Overall, Andy; Alvarenga, Renato Lúcio Mendes; Gibertoni, Tatiana Baptista; Pfliegler, Valter Péter; Horváth, Enikő; Imre, Alexandra; Alves, Amanda Lucia; da Silva, Santos, Ana Carla; Tiago, Patricia Vieira; Bulgakov, Timur S.; Wanasinghe, Dhanushka N.; Bahkali, Ali H.; Doilom, Mingkwan; Elgorban, Abdallah M.; Maharachchikumbura, Sajeewa S. N.; Rajeshkumar, Kunhiraman C.; Haelewaters, Danny; Mortimer, Peter E.; Zhao, Qi; Lumyong, Saisamorn; Xu, Jianchu; Sheng, JunTétel Korlátozottan hozzáférhető Griffithsin and Saccharomyces ‘boulardii’ as a potential antiviral probioticSnyman, Caitlin Amber; Pfliegler, Valter Péter; Imre, Alexandra; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biológiai és Ökológiai IntézetThis thesis discusses Coronaviruses and HIV in brief, noting how dangerous they have become, but with the rise of DNA editing technologies, novel therapies based on biotechnological processes may become available, in addition to vaccines. Therefore, a theoretical attempt was made to design an insertion of the gene that codes the griffithsin protein into the genome of S. ’boulardii’ using the CRISPR/Cas9 technology and the Benchling software, with the main idea being to give Saccharomyces 'Boulardii” antiviral properties. Likewise, an exploration of the advantages and disadvantages of the methods that can be considered for the correct assembling of the repair DNA following a successful insertion was carried out.Tétel Szabadon hozzáférhető Heme Oxygenase-1 (HMX1) Loss of Function Increases the In-Host Fitness of the Saccharomyces 'boulardii' Probiotic Yeast in a Mouse Fungemia Model(2022) Imre, Alexandra; Kovács, Renátó László; Tóth, Zoltán; Majoros, László; Benkő, Zsigmond; Pfliegler, Valter Péter; Pócsi, IstvánTétel Korlátozottan hozzáférhető How to characterize a strain? Clonal heterogeneity in industrial influences both phenotypes and heterogeneity in phenotypes(2021) Rácz, Hanna Viktória; Mukhtar, Fezan; Imre, Alexandra; Rádai, Zoltán; Gombert, Andreas Károly; Rátonyi, Tamás; Nagy, János; Pócsi, István; Pfliegler, Valter PéterTétel Korlátozottan hozzáférhető Humán patogén gombák glutation reduktáz, tioredoxin és tioredoxin reduktáz génjeinek bioinformatikai feltárásaImre, Alexandra; Pócsi, István; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biológiai és Ökológiai IntézetA munkánk során 20 humán patogén gombafaj glutation reduktáz, tioredoxin, illetve tioredoxin reduktáz homológjainak felkutatását végeztük el bioinformatikai módszerekkel. Célunk az volt, hogy kapcsolatot találjunk a GR deléciós mutánsok életképessége, illetve a tioredoxin rendszer enzimeinek száma között. Eredményeink megerősítették a tioredoxin reduktáz glutation reduktáz funkciót helyettesítő szerepét. Sajnos azonban a feltárt homológok többsége nincs jellemezve, beleértve az újonnan azonosított C. albicans Trx2-t is. A továbbiakban kísérletesen igazolhatjuk ezen homológok oxidatív stresszválaszban betöltött szerepét. A jövőben kritikus kérdéssé fog válni a halálos, szisztémás fertőzéseket okozó gombák elleni hatékony gyógyszeres terápia. Ehhez létfontosságú az adott patogén működésének, és jelátviteli útvonalainak pontos feltérképezése, melyhez az általunk elvégzett in silico elemzésekből kapott eredmények is nagy valószínűséggel jó alapul vehetők.Tétel Korlátozottan hozzáférhető Leukocin C peptid heterológ expressziója a Saccharomyces 'boulardii' probiotikus élesztőbenGalán, Gábor; Imre, Alexandra; Pfliegler, Valter; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biotechnológiai IntézetA diplomamunkám célja egy olyan S. ’boulardii’ törzs tervezése volt, amellyel a célzott terápia lehetőségét próbáltuk tesztelni a Leukocin C peptid kódoló gén genomba való integrálásával és heterológ expressziójával. Az élesztőre optimalizált, plazmidon kódolt Leukocin C gént már transzformálták S. 'boulardii'-ba, mely eredményeképpen a törzs képes volt antimikrobiális peptid termelésére (Hudson és mtsai., 2014). A munka során egy Leukocin C tartalmú plazmidot terveztünk elkészíteni Golden Gate reakcióval, amelyhez Leukocin C kódoló gént, promóter-, terminátor-, és egyéb régiókat használtunk. A CRISPR/Cas9 genomszerkesztési módszer segítségével integráltuk a Leukocin C-t kódoló ORF-t a probiotikus élesztő genomjába. Emellett vizsgáltuk a törzs antagonizmusát különböző baktériumfajokkal szemben. A munka eredményeképpen egy olyan probiotikus törzs állna rendelkezésre, mely bizonyítottan alkalmas terápiás peptidek heterológ expressziójára.Tétel Korlátozottan hozzáférhető Opportunista patogén és probiotikum Saccharomyces izolátumok hemolitikus aktivitásának vizsgálataNánási, Patrícia; Pócsi, István; Imre, Alexandra; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biológiai és Ökológiai IntézetProbiotikum és klinikai Saccharomyces törzsek hemolízisét vizsgáltam véres agaron, majd a hem oxigenázát térképeztük fel. A DNS szekvenciáját és a protein aminosav szekvenciáját is vizsgáltuk.Tétel Szabadon hozzáférhető PCR-fingerprinting of culturable yeasts from commercially obtained beers: a simple and engaging applied microbiological laboratory exercise(2025) Pfliegler, Valter Péter; Imre, Alexandra; Pócsi, IstvánTétel Korlátozottan hozzáférhető A Saccharomyces 'boulardii' stressz toleranciájának felderítése gén kópiaszámok meghatározásán keresztülHarmath, Andrea; Pfliegler, Valter Péter; Imre, Alexandra; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biotechnológiai IntézetA Saccharomyces cerevisiae fontossága a mindennapi életben, annak klinikai előfordulása és bioinformatikai alkalmazása. Egyik alfajának, a Saccharomyces boulardii-nak, mint probiotikumnak az alkalmazása, valamint a probiotikum által okozott fungémia kialakulása. A fungémia kialakulásában általánosan veszélyeztetett korosztályok (idős, csecsemő), valamint csoportok (immunhiányosok, gyomor-, és bélrendszeri problémában szenvedők). A fertőzés kialakulásának okai, az élesztő hatásmechanizmusai. Génkópiaszám változások vizsgálata klinikai valamint kereskedelmi izolátumokon egyaránt, emellett spot plate kísérlet, az élesztő virulencia kialakulásának felderítése céljából.Tétel Szabadon hozzáférhető The bacterial and yeast microbiota in livestock forages in Hungary(2024) Murvai, Katalin; Rácz, Hanna Viktória; Horváth, Enikő; Németh, Bálint; Imre, Alexandra; Pereira, Kadmiel Naliel Oliveira; Antunovics, Zsuzsa; Peles, Ferenc; Sipos, Péter; Béri, Béla; Pusztahelyi, Tünde; Pócsi, István; Pfliegler, Valter PéterTétel Korlátozottan hozzáférhető The effects of clonal heterogeneity and its role in stress tolerance of industrial yeast strainsMukhtar, Fezan; Pfliegler, Valter; Imre, Alexandra; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biológiai és Ökológiai IntézetYeast has played an important role in human cultures since their ancient domestication, and their biochemical versatility, tolerance of different stress factors, and the ease of traditional and later molecular strain improvement strategies have only increased their roles in many agricultural and industrial fields. During industrial processes e.g., fermentation, yeast experiences multiple stress factors, and it shows adaption to the changing environment by exhibiting clonal heterogeneity, which underlines genome structure variations(GSV). In this thesis, I hypothesized that clonal heterogeneity may already have considerable effects on the heritable phenotypes of industrial yeast: subclone lineages may already be diverse and inherently heterogeneous inside products. I obtained bioethanol, wine, beer/ale, lager, probiotic, and bread yeasts from the various manufacturers, and I found how heterogeneous these yeasts are when industrially important stress phenotypes are considered. I measured the frequency of colony phenotype switches and petite mutations (yeasts with defunct mitochondria). Moreover, due to the diversity in the genetic makeup, the clonal lineages that have accumulated heterogeneity exhibited diverse responses to stress factors and different sub-clones (emerged as a result of clonal heterogeneity and clonal interference) showed high-stress tolerance and elevated population fitness. Thus, it may be advantageous for industries to consider these stochastic processes for strain improvements and predictable yield.Tétel Korlátozottan hozzáférhető Törzsfejlesztés a Saccharomyces ’boulardii’ probiotikus élesztő kompetitív in-host vizsgálatáraHarmath, Andrea; Imre, Alexandra; Pfliegler, Valter; DE--Természettudományi és Technológiai Kar--Biotechnológiai IntézetA diplomamunkám célja egy olyan S. ’boulardii’ törzs tervezése volt, amely konstitutívan termel egy szabad szemmel is látható színezettséget okozó, fluoreszcens színmarker proteint (mRFP). Az élesztőre optimalizált, plazmidon kódolt mRFP gént már transzformálták C. albicans-ba, mely eredményeképpen a telepek rózsaszínűvé váltak (Keppler-Ross és mtsai., 2008). A munka során a CRISPR/Cas9 rendszer segítségével terveztük integrálni a mRFP-t kódoló ORF-t a probiotikus élesztő genomjába. A Cas9 enzim komplexet képez a guide RNS-el, mely így specifikus kettős száltörést indukál a probiotikus élesztő Ty1 transzpozonjának δ-szekvenciáiban, majd homológ rekombinációval az mRFP gént kódoló repair DNS beépül a genom ezen szakaszaiba. Az így kapott törzs kontrollként való alkalmazása lehetővé teszi majd más, markert nem termelő élesztő törzsek és izolátumok relatív növekedésének meghatározását (kompetitív assay-ben), így ezt a fejlesztett törzset később alapkutatásban, és akár diagnosztikában is lehet alkalmazni.Tétel Szabadon hozzáférhető Virulence Factors and in-Host Selection on Phenotypes in Infectious Probiotic Yeast Isolates (Saccharomyces 'boulardii')(2021) Imre, Alexandra; Kovács, Renátó László; Pázmándi, Kitti Linda; Nemes, Dániel; Jakab, Ágnes; Fekete, Tünde; Rácz, Hanna Viktória; Dóczi, Ilona; Bácskay, Ildikó; Gácser, Attila; Kovács, Károly; Majoros, László; Farkas, Zoltán; Pócsi, István; Pfliegler, Valter Péter